Antes de ter sido extinta pelo Decreto nº 9.759, de 11 de abril de 2019 - hoje revogado - a Conasq havia sido instituída pelo MMA ainda no início dos anos 2000.
Foi a partir da experiência adquirida com a realização da 3ª Sessão do Fórum Intergovernamental de Segurança Química (FISQ III), em Salvador (BA), no ano 2000 - quando criou o Comitê Organizador da Participação Brasileira no III FISQ (COFISQ III)- , que o MMA instituiu, por meio da Portaria nº 319, de 27 de dezembro de 2000, a Comissão Coordenadora do Plano de Ação em Segurança Química (Copasq), oficialmente instalada em 9 de abril de 2001.
Em 2003, a Comissão Coordenadora do Plano de Ação em Segurança Química (Copasq) teve sua denominação alterada para Comissão Nacional de Segurança Química (Conasq), conforme a Portaria nº 352, de 8 de setembro de 2003.
Naquela oportunidade, a Conasq era composta por 22 instituições do setor público, privado e de organizações não-governamentais. Hoje a participação dos setores não-governamentais foi ampliada, trazendo mais visões da sociedade civil, da comunidade científica, do setor privado e de outras entidades de classe para as discussões. Seus representantes passaram a ser escolhidos por meio de eleição.