A ANPD possui algumas características institucionais que lhe conferem maior independência, tais como a autonomia técnica e decisória e o mandato fixo dos Diretores.
Importante destacar que a ANPD foi criada como um órgão da administração pública federal direta. Entretanto, já se previa que sua natureza jurídica seria transitória e que poderia ser transformada pelo Poder Executivo em entidade da administração pública federal indireta, submetida a regime autárquico especial, o que ocorreu em 2022, por meio da Medida Provisória nº 1.134, convertida na Lei nº 14.460, de 25 de outubro de 2022.