À Coordenação-Geral de Gestão Ambiental de Bacias Hidrográficas compete desenvolver ações voltadas à integração entre a gestão de recursos hídricos e a gestão ambiental, considerando a bacia hidrográfica como unidade territorial de atuação.
No âmbito de suas competências, a Coordenação-Geral atua na articulação e no apoio à implementação de políticas públicas e ações relacionadas à proteção, à conservação e à restauração de ecossistemas associados aos recursos hídricos, à adaptação às mudanças do clima, à sustentabilidade dos usos múltiplos da água e à neutralidade da degradação da terra.
Suas atividades abrangem a integração de instrumentos e iniciativas relacionados à gestão de bacias hidrográficas e à gestão ambiental.