À Coordenação-Geral de Substâncias Químicas compete definir estratégias para a implementação de programas, projetos e diretrizes relacionados à segurança química e à redução dos riscos associados às substâncias químicas e aos produtos perigosos.
Compete também formular, propor e promover a implementação de políticas de gestão ambientalmente adequada de substâncias químicas, bem como propor, apoiar e incentivar iniciativas, estratégias e ações voltadas à segurança química.
No âmbito de suas competências, cabe ainda à Coordenação-Geral acompanhar e coordenar as negociações e a implementação de acordos internacionais, em articulação com o Ministério das Relações Exteriores.