Depois de assinado, o arquivo XML não pode ser modificado. Qualquer manipulação do arquivo pode gerar erro na assinatura. Após assinar, o sistema não deve fazer qualquer manipulação/alteração do arquivo que possa invalidar a assinatura.
Para validar a assinatura, pode ser utilizado o método CheckSignature da classe do .net System.Security.Cryptography.Xml.SignedXml. Sugere-se que as instituições financeiras validem a assinatura antes de enviar o evento.
Outras tentativas válidas:
Assinar o evento pelo sistema da entidade declarante e enviar o arquivo manualmente pelo site, para verificar se é o processo de transmissão que está invalidando a assinatura;
Assinar o evento usando o programa exemplo assinador que está no Portal SPED e enviar o arquivo manualmente pelo site.