PISF encontra-se atualmente em pré-operação, que é exercida no Eixo Leste pela Codevasf, e no eixo Norte pelo próprio MIDR.
A Codevasf foi nomeada como operadora federal do PISF em 14 de março de 2014, por meio do Decreto nº 8.207/2014, possui a missão de exercer as funções necessárias à operacionalização e à manutenção dos eixos principais do sistema.
Quadro 2. Desembolsos do MIDR referentes aos custos operacionais do PISF.