Conforme estabelecido no art. 7º do Decreto nº 11.653, de 2023, o Comitê Gestor da CPR São Francisco e Parnaíba é composto por representantes dos seguintes órgãos:
I - dois do Ministério da Integração e do Desenvolvimento Regional, um dos quais o presidirá;
II - um da Casa Civil da Presidência da República;
III - um do Ministério da Agricultura e Pecuária;
IV - um do Ministério das Cidades;
V - um do Ministério do Meio Ambiente e Mudança do Clima;
VI - um do Ministério de Minas e Energia; e
VII - um da Associação Brasileira de Entidades Estaduais de Meio Ambiente - Abema.