O Encceja é estruturado com base na Matriz de Competências e Habilidades, especificada pela Portaria n.º 147, de 4 de setembro de 2008, disponibilizada no portal do Inep.
O Inep disponibiliza material de estudo gratuito em seu portal: um volume introdutório, quatro volumes de orientações aos professores e oito volumes de orientações aos estudantes que buscam cerificação para o ensino fundamental e o ensino médio.