A própria Lei nº 8.666/93 permite que haja exceção à ordem cronológica de pagamento, quando presentes relevantes razões de interesse público e mediante prévia justificativa. A Instrução Normativa estabelece que configuram relevantes razões de interesse público, a legitimar a exceção da ordem cronológica de pagamento, as seguintes situações:
grave perturbação da ordem, situação de emergência ou calamidade pública;
pagamento a microempresa, empresa de pequeno porte e demais beneficiários do Decreto nº 8.538, de 6 de outubro de 2015, desde que demonstrado o risco de descontinuidade do cumprimento do objeto do contrato;
pagamento de serviços necessários ao funcionamento dos sistemas estruturantes do Governo Federal, desde que demonstrado o risco de descontinuidade do cumprimento do objeto do contrato;
pagamento de direitos oriundos de contratos em caso de falência, recuperação judicial ou dissolução da empresa contratada; ou
pagamento de contrato cujo objeto seja imprescindível para assegurar a integridade do patrimônio público ou para manter o funcionamento das atividades finalísticas do órgão ou entidade, quando demonstrado o risco de descontinuidade da prestação de um serviço público de relevância ou o cumprimento da missão institucional.
Objetivando assegurar a transparência administrativa e em atenção às determinações da Lei de Acesso à Informação (Lei nº 12.527/2011), o órgão ou entidade deverá disponibilizar mensalmente no seu sítio na Internet a ordem cronológica de seus pagamentos, bem como as justificativas que fundamentam a eventual quebra da ordem.