A Secretaria Executiva - SE atua como instância central de apoio ao Ministério da Saúde, sendo responsável por supervisionar e coordenar as atividades das demais secretarias da pasta e de suas entidades vinculadas.
No âmbito do Ministério da Saúde, a SE coordena os sistemas federais relacionados ao planejamento e orçamento; organização e modernização administrativa; contabilidade; administração financeira e de recursos humanos; informação e informática; e serviços gerais.
Além disso, a Secretaria Executiva assessora o Ministério na formulação de estratégias de colaboração com organismos internacionais e supervisiona os sistemas internos de gestão e aos sistemas de informação ligados às atividades finalísticas do Sistema Único de Saúde (SUS).
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