A criação da Secretaria de Vigilância em Saúde – SVS, em junho de 2003, veio reforçar uma área extremamente estratégica do Ministério, por meio do fortalecimento e ampliação das ações de Vigilância Epidemiológica.
Com sua criação, as atividades antes desempenhadas pelo extinto Centro Nacional de Epidemiologia, da Fundação Nacional de Saúde, passaram a ser executadas pela SVS. Em janeiro de 2023, a Secretaria de Vigilância em Saúde, por meio do Decreto nº 11.358/2023, passou a ser denominada Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente - SVSA.
Entre suas ações estão incluídos os programas nacionais de eliminação da malária, de vigilância de arboviroses e de outras doenças transmitidas por vetores; o Programa Nacional de Imunização, a prevenção e controle de doenças imunopreveníveis, como o sarampo, o controle de zoonoses; e a vigilância de doenças emergentes.
A inclusão do termo ambiente diz respeito à concepção de uma só saúde que conecta a saúde humana, animal e ambiental.
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