O MEI com débitos mensais (DAS), declaração DASN-SIMEI em atraso e multas poderá fazer a baixa da empresa?

Sim. Mesmo estando com débitos, o contribuinte pode dar baixa e pagar a dívida posteriormente.

A baixa do registro, sem quitação dos débitos, não impede que posteriormente sejam lançados ou cobrados do titular os impostos, contribuições e respectivas penalidades decorrentes da simples falta de recolhimento ou da prática comprovada e apurada em processo administrativo ou judicial de outras irregularidades praticadas.