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INFORME N.16 REDE CORONA-ÔMICA.BR-MCTI

Rede Corona-ômica.BR-MCTI informa possível nova variante da COVID-19 no interior de SP com mutação também encontrada na variante indiana

Publicado em 04/05/2021 14h57 Atualizado em 04/05/2021 18h25
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A Rede Vírus MCTI informa que a Rede Corona-Ômica.BR-MCTI, através do Instituto de Biotecnologia (IBTEC), Instituto de Biociências - UNESP Botucatu, do Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE) - UNESP, São José do Rio Preto, do Laboratório de Pesquisa em Virologia da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto - FAMERP- e da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos da USP Pirassununga (FZEA-USP), reporta a identificação de uma possível nova linhagem, relacionada à B.1.1.28, em amostras da região de Araraquara (DRS-3), que apresenta a mutação L452R na proteína S dos SARS-CoV-2.

Informamos que, de 148 amostras dessa região que foram tipificadas pelo nosso grupo, 118 foram da variante P1, 17 como P2/N9, 4 como B1.1.7 e 9 como B.1.1.128 (nova variante). Isso ressalta a importância dessa nova variante que permanece em circulação onde predomina as variantes de preocupação (VOC).

A sequência de genoma completo de duas amostras coletadas em 24/03/2021 e 05/04/2021 na cidade de Porto Ferreira – SP, classificadas como B.1.1.28 pelo Pango lineages, apresentou a mutação L452R na proteína S. Devido à importância desta mutação, relacionada ao escape de anticorpos neutralizantes, estando a mesma presente nas variantes B.1.617 (Indiana), B.1.427 e B.1.429 (ambas da Califórnia), realizamos analises filogenéticas comparando com outras sequências da linhagem B.1.1.28,  já depositadas no GISAID (Tabela 1). A análise revelou que as duas sequências de Porto Ferreira formam um grupo monofilético, com outras 17 sequências de cidades da mesma região (Figura 1), com alta sustentação de ramos. (Figura 2). Foram identificadas 13 mutações não-sinônimas e 5 sinônimas próprias do clado, sendo 4 na proteína S. As substituições que definem o clado encontram-se descritas na Tabela 2. A formação de um grupo monofilético com alto suporte de ramo, a presença de mutações características e a circulação em determinada região geográfica são fatores que sugerem que se trata de uma nova linhagem descendente de B.1.1.28.

Com o intuito de rastrear a frequência dessa variante na região, realizamos investigação de 64 amostras das cidades dessa região geográfica via sequenciamento Sanger da região RBD da proteína S, onde se encontra a mutação L452R. Foram identificadas outras 7 amostras contendo esta mutação, sendo 6 de Porto Ferreira – SP e uma de Descalvado – SP. O genoma completo dessas amostras está sendo sequenciado e será depositado no GISAID.

É importante destacar que a sequência mais antiga depositada desta possível nova linhagem data de Fevereiro de 2021 sugerindo um surgimento recente. Observa-se também a circulação em regiões que apresentam predomínio da linhagem P.1.

Tabela 1. Informações das sequências que compõe o clado. Em negrito as sequências depositadas por este grupo.

Numero de acesso GISAID

Cidade

Depositante

EPI_ISL_1734841

Porto Ferreira

Rede Corona-ômica (IBTEC-UNESP )

EPI_ISL_1734875

Porto Ferreira

Rede Corona-ômica (IBTEC-UNESP )

EPI_ISL_1520132

Mococa

Instituto Adolfo Lutz

EPI_ISL_1520133

Mococa

Instituto Adolfo Lutz

EPI_ISL_1580269

Cesário Lange

Rede de Vigilância Genômica (Vigenômica)/UNESP

EPI_ISL_1625982

Itirapina

Instituto Adolfo Lutz

EPI_ISL_1625983

 Araras

Instituto Adolfo Lutz

EPI_ISL_1795091

Tambaú

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795092

Tambaú

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795084

Tambaú

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795085

Tambaú

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795086

Tambaú

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795413

Tambaú

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795087

Santa Cruz Das Palmeiras

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795088

Santa Cruz Das Palmeiras

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795089

Santa Cruz Das Palmeiras

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795090

Santa Cruz Das Palmeiras

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795401

Rio Claro

Instituto Butantan

EPI_ISL_1795412

Sumaré

Instituto Butantan

Figura 1: Mapa das cidades onde possível nova variante foi identificada. Vermelho – Cidades com sequências de genoma completo (19 amostras) . Bege – Cidade com sequenciamento da região RBD da proteína Spike (6 amostras)

Figura 1. A. Árvore filogenética de Maximum Likelihood reconstruída com base em um dataset de 337 sequências de genoma completo, incluindo B.1.1.28 e variantes descendentes (P.1, P.2, P.3). B. Detalhe do ramo da possível nova linhagem, apresentando a identificação das sequências e o suporte de ramo (aLRT). C. Detalhe apresentando as cidades onde as amostras de cada ramo foram coletadas.

Tabela 2. Mutações compartilhadas pelas sequências do clado (excluindo as já presentes na B.1.1.128 original) e a região genômica correspondente.

Região genômica

Nucleotídeo

Aminoácido

A136G

-

ORF1a

G1811A

A516T

ORF1a

C3177T

P971L

ORF1a

C9693T

A3143V

ORF1a

T9867C

L3201P

ORF1a

C11450A

Q3729K

ORF1a

C12008T

L3915F

ORF1a

C12880T

-

ORF1b

A15932G

Y822C

ORF1b

G18756T

-

ORF1b

C20436T*

-

S

G21987T

G142V

S

C22079A*

Q173K

S

T22917G

L452R

S

A23720G**

I720V

ORF3a

G25540A

V50I

A28271C

-

N

C28932T

A220V

* Não estão presentes na sequência de Cesário Lange

** Não está presente na sequência de Itirapina

Informamos que envidaremos esforços para rastrearmos o surgimento dessa nova variante em amostras armazenadas da região e analisarmos dados epidemiológicos para determinação da sua possível origem para posterior publicação.

Devido à presença da mutação L452R, que é motivo de preocupação mundial, recomendamos às autoridades responsáveis que medidas sejam adotadas com urgência para evitar a dispersão desta possível nova linhagem para outras localidades.

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