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REDEVÍRUS MCTI

Rede Corona-ômica.BR-MCTI identifica uma possível nova variante de SARS-CoV-2 em MG

Mutação foi mapeada por pesquisadores da RedeVírus MCTI na região metropolitana de Belo Horizonte
Publicado em 07/04/2021 13h54 Atualizado em 07/04/2021 16h16
INFORME-CORONAOMICA-BR-13.jpg

A Rede Vírus-MCTI comunica que a Rede Corona-Ômica BR-MCTI, através do Laboratório de Biologia Integrativa (Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais) e do Laboratório de Virologia Molecular (Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro), em colaboração com o Instituto Hermes Pardini e a Prefeitura de Belo Horizonte (PBH), sequenciou 85 genomas de SARS-CoV-2 de amostras clínicas coletadas da região metropolitana de Belo Horizonte e identificou dois novos genomas com uma coletânea de mutações ainda não descrita, caracterizando uma possível nova variante de SARS-CoV-2.

Os nossos resultados demonstram uma preponderância das variantes de preocupação (VOCs) e interesse (VOIs) de SARS-CoV-2 na região metropolitana de Belo Horizonte. As amostras investigadas correspondem ao período compreendido entre 28 de outubro de 2020 e 15 de março de 2021, provenientes do diagnóstico de COVID-19 realizados por três diferentes instituições: i - Laboratório de Biologia Integrativa, participante do Programa de Laboratórios de Campanha do MCTI; ii - Instituto Hermes Pardini e iii - Laboratório Municipal de Referência de Belo Horizonte (PBH).

A análise de classificação inicial indica que dos 85 genomas sequenciados, as seguintes linhagens foram encontradas: P.1 (30 amostras; 35,29%), P.2 (41 amostras; 48,23%), B.1.1.28 (8 amostras; 9,41%), B.1.1.7 (3 amostras; 3,53%), B.1.1.143 (1 amostra; 1,17%), B.1.235 (1 amostra; 1.17%) e B.1.1.94 (1 amostra; 1.17%). Estes achados demonstram um crescente predomínio das variantes P.1 e P.2 na região metropolitana de Belo Horizonte, substituindo as linhagens oriundas da primeira onda epidêmica. As variantes P.1, P.2 e B.1.1.7 possuem mutações críticas no gene codificante da proteína de espícula (S), como E484K ou N501Y, envolvidas no aumento da transmissibilidade e no escape imunológico. Salientamos ainda que a mutação N501Y, presente nas linhagens P.1 e B.1.1.7, foi recentemente associada ao aumento de aproximadamente 60% no risco de mortalidade em indivíduos infectados no Reino Unido.

Os nossos dados também mostraram a identificação de uma possível nova variante de SARS-CoV-2 na cidade de Belo Horizonte. Dois dos genomas descritos, oriundos de amostras não relacionadas geograficamente, demonstram a presença de um conjunto único de 18 mutações nunca anteriormente descrito em genomas de SARS-CoV-2 (tabela 1). Inferências filogenéticas mostram que esses dois novos genomas se agrupam em um ramo único dentro da linhagem B.1.1.28, possivelmente compondo uma nova linhagem definida por estas mutações. É notável que estas ocorrem em diversas regiões do genoma, inclusive ocasionando mudanças de aminoácidos em sítios funcionalmente importantes da proteína de espícula (E484Q e N501T), tal como VOCIs previamente descritas.

 Tabela 1: Substituições sinônimas e não-sinônimas identificadas.

Gene

Mudança de bases

Mudança de aminoácidos

Presença em outras VOCIs

ORF1ab

C1627U

-

ORF1ab

G5180A

D1639N

ORF1ab

G9929A

D3222N

ORF1ab

A10888G

-

ORF1ab

11288-11296

3675-3677 del (SGF)

B.1.1.7, B.1.351, P.1

ORF1ab

C12664U

-

S

C21614U

L18F

P.1

S

G23012C

E484Q

B.1.351, P.1, P.2

S

A23064C

N501T

B.1.1.7, B.1.351, P.1

S

C24374U

L938F

P.1

S

G24410A

D950N

P.1

S

C24904U

-

 

ORF7b

C27807U

-

 

ORF8

C28253U

-

P.2

 

A28271U

-

 

N

C28311U

P13L

N

28881-28889

203-206 RGTS para  T

ORF10

U29581

frame shift deletion [(U)4 -> (U)3]

 

 

Estas amostras foram coletadas nos dias 27 e 28 de fevereiro de 2021 e não existem evidências de ligação epidemiológica entre ambas, como parentesco ou região residencial, o que reforça a plausibilidade de circulação desta novo possível variante. No entanto, novos genomas compartilhando estas mutações são necessários para corroborar a classificação formal de uma nova linhagem, o que enfatiza a urgência de esforços de vigilância genômica na região. Novas amostras das mesmas regiões já estão sendo analisadas e os resultados serão divulgados em breve.

Salientamos aqui que a descoberta de novos genomas contendo mutações de possível relevância funcional, como E484Q e N501T na proteína da espícula, é de especial relevância, considerando o impacto epidemiológico causado por outras mutações no mesmo sítio exibidas nas linhagens P.1, P.2, B.1.1.7 e B.1.351. Assim, estudos funcionais são necessários para avaliação do impacto biológico destas novas mutações.

 

Tabela 2: Relação dos genomas de SARS-CoV-2 sequenciados.

 

Amostra

Cidade

Data de coleta

Variante

Mutações

LBI51

Betim - MG

17/12/2020

P.2

 

LBI52

Belo Horizonte - MG

06/11/2020

P.2

 

LBI54

Belo Horizonte - MG

19/01/2021

P.2

 

LBI55

Belo Horizonte - MG

22/01/2021

P.2

 

LBI56

Belo Horizonte - MG

25/01/2021

P.2

 

LBI57

Belo Horizonte - MG

27/01/2021

P.2

 

LBI58

Belo Horizonte - MG

28/01/2021

P.2

 

LBI143

Belo Horizonte - MG

28/10/2020

P.2

 

LBI144

Belo Horizonte - MG

03/12/2020

P.2

 

LBI145

Belo Horizonte - MG

08/01/2021

P.2

 

LBI146

Belo Horizonte - MG

11/12/2020

B.1.1.28

 

LBI147

Belo Horizonte - MG

07/01/2021

P.2

 

LBI150

Belo Horizonte - MG

26/11/2020

B.1.1.28

 

LBI151

Belo Horizonte - MG

17/11/2020

P.2

 

LBI153

Belo Horizonte - MG

09/02/2021

P.2

 

LBI154

Belo Horizonte - MG

09/02/2021

P.2

 

LBI172

Contagem - MG

22/02/2021

P.2

 

LBI173

Belo Horizonte - MG

26/02/2021

P.1

 

LBI174

Belo Horizonte - MG

26/02/2021

P.1

 

LBI176

Belo Horizonte - MG

23/02/2021

B.1.1.7

 

LBI177

Belo Horizonte - MG

23/02/2021

P.2

 

LBI178

Belo Horizonte - MG

24/02/2021

P.2

 

LBI179

Belo Horizonte - MG

24/02/2021

P.1

 

LBI180

Belo Horizonte - MG

24/02/2021

P.2

 

LBI181

Belo Horizonte - MG

26/02/2021

P.2

 

LBI185

Belo Horizonte - MG

26/02/2021

P.2

 

LBI190

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.1

 

LBI191

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.1

 

LBI193

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI194

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.1

 

LBI195

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI196

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI198

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI199

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

B.1.1.28

 

LBI200

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.1

 

LBI203

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI204

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI205

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI206

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.1

 

LBI207

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI208

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI209

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

B.1.1.28

 

LBI210

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI211

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

B.1.1.28

 

LBI213

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

B.1.1.143

 

LBI214

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.1

 

LBI215

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

-

ORF1ab: C1627U (sinônima), ORF1ab: G5180A (D1639N), ORF1ab: G9929A (D3222N), ORF1ab: A10888G (sinônima), ORF1ab: deleção 11288-11296 (3675-3677 SGF), ORF1ab: C12664U (sinônima), S: C21614U (L18F), S: G23012C (E484Q), S: A23064C (N501T), S: C24374U (L938F), S: G24410A (D950N), S: C24904U (sinônima), ORF7b: C27807U (sinônima), ORF8: C28253U (sinônima), A28271U, N: C28311U (P13L), N: deleção 28881-28889 (203-206 RGTS para T), ORF10: Deleção U29581 [(U)4 -> (U)3].

LBI216

Belo Horizonte - MG

26/02/2021

P.2

 

LBI217

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.1

 

LBI218

Belo Horizonte - MG

28/02/2021

-

ORF1ab: C1627U (sinônima), ORF1ab: G5180A (D1639N), ORF1ab: G9929A (D3222N), ORF1ab: A10888G (sinônima), ORF1ab: deleção 11288-11296 (3675-3677 SGF), ORF1ab: C12664U (sinônima), S: C21614U (L18F), S: G23012C (E484Q), S: A23064C (N501T), S: C24374U (L938F), S: G24410A (D950N), S: C24904U (sinônima), ORF7b: C27807U (sinônima), ORF8: C28253U (sinônima), A28271U, N: C28311U (P13L), N: deleção 28881-28889 (203-206 RGTS para T), ORF10: Deleção U29581 [(U)4 -> (U)3].

LBI219

Belo Horizonte - MG

27/02/2021

P.2

 

LBI220

Belo Horizonte - MG

01/03/2021

P.2

 

LBI221

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI222

Belo Horizonte - MG

05/03/2021

P.1

 

LBI223

Betim - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI224

Sete Lagoas - MG

03/03/2021

P.2

 

LBI226

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI228

Belo Horizonte - MG

02/03/2021

P.1

 

LBI229

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI233

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.2

 

LBI235

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

B.1.1.7

 

LBI240

Belo Horizonte - MG

02/03/2021

P.1

 

LBI241

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI243

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI244

Belo Horizonte - MG

02/03/2021

P.1

 

LBI245

Belo Horizonte - MG

02/03/2021

P.1

 

LBI246

Belo Horizonte - MG

01/03/2021

P.1

 

LBI247

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI248

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI249

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.2

 

LBI257

Belo Horizonte - MG

11/03/2021

B.1.1.28

 

LBI261

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

B.1.1.7

 

LBI262

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.2

 

LBI263

Belo Horizonte - MG

03/03/2021

P.1

 

LBI266

Belo Horizonte - MG

25/02/2021

P.1

 

LBI267

Belo Horizonte - MG

24/02/2021

P.2

 

LBI268

Belo Horizonte - MG

17/02/2021

P.2

 

LBI270

Belo Horizonte - MG

15/03/2021

P.1

 

LBI271

Belo Horizonte - MG

12/03/2021

P.1

 

LBI272

Belo Horizonte - MG

09/03/2021

P.1

 

LBI273

Belo Horizonte - MG

04/03/2021

P.1

 

LBI279

Belo Horizonte - MG

13/01/2021

B.1.1.28

 

LBI281

Belo Horizonte - MG

12/02/2021

B.1.1.28

 

LBI282

Belo Horizonte - MG

01/02/2021

P.2

 

LBI283

Belo Horizonte - MG

22/02/2021

P.2

 

 Todos os dados estão sendo disponibilizados em bases de dados públicos nacionais (Corona-Ômica.BR – MCTI) e internacionais (GISAID) com a posterior submissão do trabalho ao periódico científico. Na tabela 2 listamos todas os genomas gerados, bem como as mutações encontradas.

Desta forma, recomendamos, que as providências cabíveis sejam tomadas pelos órgãos municipais, estaduais e federais competentes e agradecemos o apoio do Ministério de Ciência e Tecnologia e toda a Rede Vírus pelo suporte.

 

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