A maneira como os preços dos títulos são formados é importante para determinar o padrão de negociação no mercado secundário. Em geral os preços são calculados a partir do desconto do fluxo de pagamentos por determinada taxa de desconto para uma data de referência. Caso o título tenha algum indexador, como a taxa Selic ou um índice de inflação (IPCA ou IGP-M), este também é utilizado como insumo para o cálculo do preço unitário (PU). 

No caso dos títulos prefixados (LTN e NTN-F) a principal referência para a formação de preços é o DI Futuro, derivativo de taxa de juros negociado na B3 e utilizado para balizar as taxas dos títulos públicos. Na prática, o DI Futuro é um swap de taxa de juros, que fornece aos compradores de títulos prefixados um hedge contra oscilações na taxa de juros e, consequentemente, nos preços dos títulos. A taxa dos títulos prefixados é obtida somando-se um prêmio à taxa do DI Futuro de prazo equivalente [1]. A unidade de negociação padrão utilizada pelo mercado é justamente o prêmio (spread), sobre o DI Futuro. A conjugação de títulos prefixados com DI Futuro é conhecida no mercado como "casado". 

A NTN-B é o título público indexado ao IPCA, índice de inflação calculado pelo IBGE. A remuneração deste instrumento é composta por dois fatores: a taxa de inflação acumulada no período e a taxa de juros real. A unidade de negociação padrão utilizada pelos participantes de mercado é a taxa interna de retorno do título, que representa a taxa de juros real [2].

A LFT é o título público indexado à taxa Selic over. A unidade de negociação é a taxa, que definirá a cotação, ou seja, se o título é negociado com ágio (preço acima do par) ou deságio (preço abaixo do par). A compra de uma LFT com deságio implica uma rentabilidade acima da taxa Selic over acumulada do período, caso o investidor permaneça com o título até o vencimento. O inverso ocorre caso o título seja comprado com ágio.

Vale notar que, ao contrário dos padrões observados no mercado internacional, no mercado doméstico brasileiro o padrão de contagem de dias utilizado para o apreçamento dos títulos tem como base os dias úteis (padrão DU/252). Outra característica importante é que as negociações tem como base a taxa de retorno de cada título, ao invés do preço.

O mercado secundário brasileiro também possui três sistemas de negociação eletrônica, quais sejam: o SISBEX e o Cetipnet (B3) e o E-Bond (Bloomberg). A despeito da quantidade de plataformas disponível e de seus aspectos positivos, como maior transparência, melhor precificação dos ativos negociados e potencial aumento da liquidez e capilaridade do mercado secundário, a participação dos sistemas eletrônicos no mercado secundário como um todo ainda é relativamente restrita.

Em decorrência dos potenciais efeitos benéficos da maior disseminação das plataformas eletrônicas no mercado secundário, os Atos Normativos Conjuntos do Banco Central e Tesouro Nacional, que regulam a atividade das instituições dealers, contemplam desde 2008 incentivos à atuação em plataformas eletrônicas. A participação em operações especiais do Tesouro Nacional tem como pré-requisito o cumprimento de metas em sistemas eletrônicos, consistindo na apresentação de proposta de compra e venda de cada objeto de negociação da instituição dealer, em uma determinada quantidade de períodos por mês.

[1] Observa-se que a LTN e o DI Futuro de mesmo vencimento possuem a mesma duration. Por outro lado, a NTN-F, cujo fluxo prevê pagamentos semestrais de juros, possui duration menor que o DI Futuro de mesmo vencimento. A despeito dessa diferença, os participantes de mercado normalmente utilizam como balizador o contrato de DI Futuro de mesmo vencimento.
[2] O mercado denomina a taxa de juros real da NTN-B de cupom, o que não deve ser confundida com o conceito de cupom de juros, entendido como a remuneração periódica do título. A taxa de juros real varia de acordo com as condições de mercado, enquanto o cupom de juros é fixo em 6% a.a..