Sob a coordenação da Secretaria Nacional de Políticas Penais do Ministério da Justiça e Segurança Pública e Conselho Nacional de Justiça (CNJ), a construção e a efetividade do Plano Nacional estão relacionadas com a capacidade da integração e articulação de instituições no rol do sistema de políticas públicas, tanto aquelas afetas à esfera penal, como também às políticas de proteção social, saúde, educação, trabalho e outras.
Estrutura do Plano
O Pena Justa está organizado em 4 eixos, 14 problemas, 50 ações mitigadoras, 141 medidas, 307 metas e 366 indicadores. Toda a estrutura perpassa pela dimensão estrutural do enfrentamento ao racismo institucional. Eixos:
1) Controle da Entrada e das Vagas do Sistema Prisional
Aborda problemas como a superlotação carcerária, a sobrerrepresentação da população negra e o uso excessivo da pena privativa de liberdade.
2) Qualidade da Ambiência, dos Serviços Prestados e da Estrutura Prisional
A inadequação da arquitetura prisional, a má qualidade dos serviços prestados nas prisões, a tortura e o tratamento degradante somado à falta de transparência e de canais efetivos para denúncia são alguns dos problemas identificados neste eixo. A desvalorização dos servidores penais também é abordada neste tópico.
3) Processos de Saída da Prisão e da Reintegração Social
Na porta de saída da prisão, o Plano apresenta estratégias de qualificação dos procedimentos de soltura e a consolidação de políticas voltadas às pessoas egressas que deixam do sistema prisional, com a necessidade de absorção desse público pelo mercado de trabalho.
4) Políticas para Não Repetição do Estado de Coisas Inconstitucional no Sistema Prisional
Ações para garantir que esse estado de inconstitucionalidade não se repita, incluindo o enfrentamento ao racismo no ciclo penal, o fortalecimento das políticas penais. O respeito a precedentes e normativas que compõem este eixo perpassam todo o plano de forma transversal.
Diálogos Interinstitucionais e Participação Social
Diálogos Interinstitucionais
O Plano Pena Justa teve a contribuição de mais de 100 instituições, incluindo, 15 ministérios e a Casa Civil, Tribunal de Contas da União (TCU), Advocacia-Geral da União (AGU), Controladoria-Geral da União (CGU), associações de magistrados, conselhos e associações de procuradores e de defensores públicos, além do Ministério Público do Trabalho (MPT) e os Grupos de Monitoramento e Fiscalização dos Sistemas Carcerário e Socioeducativo (GMFs) das 27 unidades da federação.
Foram realizados 33 encontros, sendo 28 reuniões de trabalho com essas entidades, duas reuniões do Comitê Interinstitucional para Enfrentamento do Estado de Coisas Inconstitucional e participação em três eventos: o 93º Encontro Nacional dos Corregedores-Gerais de Justiça, a 7ª Reunião Ordinária do CONSEJ e uma audiência pública no Senado Federal. Além disso, outras agendas foram realizadas, no Executivo Federal, para a consolidação orçamentária do Plano, com participação relevante da Casa Civil da Presidência da República como articuladora deste processo.
Participação Social
O processo de elaboração do Plano Pena Justa contou com estratégias de participação social, em consonância com a decisão do Supremo Tribunal Federal, tendo sido realizadas uma consulta pública e uma audiência pública - instrumentos através dos quais a sociedade teve a oportunidade de contribuir com sugestões e propostas para o Plano.
As propostas resultaram no recebimento de 317 documentos institucionais, com 41 novas ações incorporadas ao plano; 5.205 sugestões advindas da consulta pública, com 80 novas ações apresentadas; e 417 propostas apresentadas em audiência pública, sendo 31 delas novas. Além disso, contou com a participação social por meio de consulta pública e audiência pública, contabilizando mais de 5.900 contribuições. Conforme abaixo:
| Consulta Pública | Audiência Pública | Ofícios |
| Total - 5.205 | Total - 417 | Total - 371 |
| Novas ações - 80 | Novas ações - 31 | Novas ações - 41 |
| Já contempladas/ desdobramento - 3.883 | Já contempladas/ desdobramento - 326 | Já contempladas/ desdobramento - 317 |
| Não se aplica* - 1.242 | Não se aplica* - 60 | Não se aplica* - 11 |
*Proposta refere-se a outra problemática, contrário aos propósitos da decisão da ADPF, ilegal ou não é uma proposta
As novas propostas foram apresentadas ao Comitê Interinstitucional de Enfrentamento do Estado de Coisas Inconstitucional das Prisões Brasileiras, instância de deliberação e decisão composto pelas autoridades máximas da Senappen e do CNJ, de modo que as ações validadas foram incorporadas ao Plano. As demais sugestões já contempladas foram analisadas e guiaram o processo de revisão da Matriz de Implementação do Pena Justa.