A doação é um procedimento que se faz em centro cirúrgico, sob anestesia peridural ou geral, e requer internação por um mínimo de 24 horas. Nos primeiros três dias após a doação pode haver desconforto localizado, de leve a moderado, que pode ser amenizado com o uso de analgésicos e medidas simples. Normalmente, os doadores retornam às suas atividades habituais depois da primeira semana após a doação. Existe outra forma de obtenção das células-tronco da medula óssea, que utiliza uma máquina específica (aférese) para separar do sangue periférico (corrente sanguínea) as células necessárias para o transplante. Neste caso, o doador tem de receber um medicamento antes da doação (fator de crescimento), que estimule a medula óssea a liberar essas células para a corrente sanguínea. Tal técnica só é utilizada em casos específicos, sob decisão médica e com consentimento do doador.