A vacina Febre Amarela (atenuada) é bem tolerada e raramente associada a eventos adversos graves. Os sintomas gerais relatados do 3º ao 10º dia são leves e desaparecem espontaneamente. Estes incluem: cefaleia, mialgia e febre.
Há indicações de que pessoas portadoras de doenças autoimunes tem maior risco de eventos adversos graves após administração da vacina Febre Amarela (atenuada). Estas pessoas não devem ser vacinadas antes de avaliação médica.