No âmbito do Plano Plurianual 2020 - 2023, Lei nº 13.971/2019, os programas de responsabilidade do Ministério da Saúde são:
Assistência Farmacêutica no SUS;
Atenção Especializada à Saúde;
Atenção Primária à Saúde;
Desenvolvimento Científico, Tecnológico e Produtivo em Saúde;
Gestão e Organização do SUS;
Proteção, Promoção e Recuperação da Saúde Indígena; e
Vigilância em Saúde.
Contudo, a categoria “programa” utilizada no Plano Plurianual possui características definidas tanto na Lei do PPA quanto no Manual de Elaboração do PPA, razão pela qual não representa os nomes fantasia dos programas do Ministério da Saúde.