A auditoria do SUS é estabelecida por meio do Sistema Nacional de Auditoria - SNA, instituída pela Lei nº 8.689, de 27 de julho de 1993, e regulamentada pelo Decreto nº 1.651, de 28 de setembro de 1995. Dentre seus principais objetivos, está o de avaliar a estrutura, os processos aplicados e os resultados alcançados pelas ações e serviços desenvolvidos no âmbito do SUS, aferindo sua adequação aos critérios e parâmetros exigidos de eficiência, eficácia e efetividade.

O SNA é organizado para funcionar em todos os níveis de governo, por meio dos órgãos de auditoria interna do SNA, que são as unidades de auditoria interna localizados nos níveis federal, estadual e municipal do SUS. Essas unidades devem observar como pressupostos para seu funcionamento: estrutura regimental e competências definidas; vinculação hierárquica à autoridade máxima do órgão; grau de independência estabelecido; quadro próprio; recursos e estrutura para suas atividades; e vinculação técnica às orientações emanadas pelo órgão central e aos padrões nacionais e internacionais em auditoria interna.

Atualmente, o Departamento Nacional de Auditoria do SUS - DenaSUS exerce o papel de órgão central do SNA, sendo também o órgão de auditoria no plano federal. A estrutura e o funcionamento do SNA, no plano federal, são indicativos da organização a ser observada por Estados, Distrito Federal e Municípios para a consecução dos mesmos objetivos no âmbito de suas respectivas atuações. O DenaSUS apoia e orienta a implantação e o desenvolvimento institucional de órgãos de auditoria interna das Secretarias de Saúde e, assim, eventuais necessidades de apoio devem ser formalizadas por meio do Formulário de Solicitação de Apoio ao DenaSUS.