A infecção pelo HPV é tipicamente assintomática (sem sintomas) na maioria das pessoas. Em alguns casos, o HPV pode ficar latente de meses a anos, sem manifestar sinais (verrugas na região genital e no ânus visíveis a olho nu), ou apresentar manifestações subclínicas (não visíveis a olho nu). As manifestações costumam ser mais comuns em gestantes e em pessoas com imunidade baixa.
Pode acometer vulva, vagina, colo do útero, região perianal, ânus, pênis (geralmente na glande), bolsa escrotal e/ou região pubiana. Menos frequentemente, pode estar presentes em áreas extragenitais, como conjuntivas, mucosa nasal, oral e laríngea.
Mais raramente, crianças que foram infectadas no momento do parto podem desenvolver lesões verrucosas nas cordas vocais e laringe (Papilomatose Respiratória Recorrente).