Não há como saber se as verrugas genitais desaparecerão ou crescerão. Dependendo de seu tamanho e localização, existem várias opções de tratamento. Cabe ao profissional de saúde, definir o melhor tratamento para cada caso. Entre as opções terapêuticas, estão a aplicação de creme ou solução especial nas verrugas ou ainda remoção algumas delas por congelamento, cauterização, a laser ou cirurgia. Em 25% dos casos, as verrugas são reincidentes, reaparecendo mesmo após o tratamento.