O diagnóstico do Zika vírus é clínico e feito por um médico. O resultado é confirmado por meio de exames laboratoriais de sorologia e biologia molecular. Todos os exames estão disponíveis no Sistema Único de Saúde (SUS).
Os recém-nascidos com suspeita de comprometimento neurológico necessitam de exames de imagem, como ultrassom. Tomografias ou ressonância magnética. Em caso de confirmação do Zika a notificação deve ser ao Ministério da Saúde em até 24 horas.