Podemos fazer alguma adequação no projeto de referência disponibilizado pelo Ministério da Saúde?

Sim, em caso de necessidade o projeto poderá ser adaptado à realidade local, atendendo as metragens mínimas por ambientes contidas na Resolução RDC Nº 50/2002 - ANVISA e alterações, porém haverá necessidade de emissão de Registro ou Anotação de Responsabilidade Técnica pelo projeto.