A não declaração ou alimentação do SIOPS referente ao último bimestre do exercício financeiro impede a homologação dos exercícios seguintes?

Sim. O ente que não declarar um exercício no SIOPS, não poderá transmitir o exercício seguinte.

Portaria nº 53 - Art. 17. Caso não seja realizada a transmissão dos dados sobre receitas totais e despesas com ações e serviços públicos de saúde do último bimestre do exercício financeiro, ocorrerá o impedimento da transmissão de dados do exercício financeiro subsequente até a regularização da situação pendente.