A coordenação do PSE a nível federal é compartilhada entre o Ministério da Saúde e o Ministério da Educação, no âmbito da Secretaria de Atenção Primária à Saúde - SAPS e Secretaria de Educação Básica - SEB, respectivamente. Pode-se citar competências próprias desses ministérios como: apoio aos gestores estaduais e municipais na articulação, planejamento e implementação das ações do PSE; formular propostas de formação dos profissionais de saúde e da educação básica para implementação das ações do PSE; e definição das prioridades e metas de atendimento do PSE.
Na instância federal, as equipes dos Ministérios da Saúde e da Educação compõem o Grupo de Trabalho intersetorial Federal. Compete ao GTI-F:
I - promover, respeitadas as competências próprias de cada Ministério, a articulação entre as Secretarias de Educação e Saúde Estaduais, Municipais e do Distrito Federal;
II - subsidiar o planejamento integrado das ações do PSE entre o Sistema Único de Saúde (SUS) e o sistema de ensino público, no nível da educação básica, no Distrito Federal e nos Municípios;
III - subsidiar a formulação das propostas de educação permanente e formação continuada dos profissionais da saúde e da educação básica para implementação das ações do PSE;
IV - apoiar os gestores estaduais, municipais e do Distrito Federal na articulação, planejamento e implementação das ações do PSE;
V - estabelecer, em parceria com as entidades e Conselhos representativos dos Secretários Estaduais e Municipais de Saúde e de Educação, os instrumentos e os indicadores de avaliação do PSE; e
VI - definir as prioridades e metas para realização das ações do PSE.
Nos estados, as Secretarias de Estaduais de Saúde e de Educação, por meio do Grupo de Trabalho Intersetorial Estadual (GTI-E), devem:
I - definir as estratégias específicas de cooperação entre Estado e Municípios para o planejamento e a implementação das ações no âmbito municipal;
II - articular a rede de saúde e a rede de educação pública básica para gestão do cuidado dos estudantes com necessidades de assistência em saúde, identificados pelas ações do PSE;
III - subsidiar a formulação das propostas de formação dos profissionais da saúde e da educação básica para implementação das ações do PSE;
IV - apoiar os gestores municipais na articulação, planejamento e implementação das ações do PSE;
V - subsidiar o processo de assinatura do Termo de Compromisso do PSE;
VI - contribuir com os Ministérios da Saúde e da Educação no monitoramento e avaliação do PSE; e
VII - identificar experiências exitosas e promover o intercâmbio das tecnologias produzidas entre os municípios aderidos ao PSE, em parceria com os Ministérios da Saúde e da Educação.
Nos municípios, as Secretarias de Municipais de Saúde e de Educação, por meio do Grupo de Trabalho Intersetorial Municipal (GTI-M), devem:
I - apoiar a implementação dos princípios e diretrizes do PSE no planejamento, monitoramento, execução, avaliação e gestão dos recursos financeiros;
II - articular a inclusão dos temas relacionados às ações do PSE nas propostas pedagógicas das escolas;
III - definir as escolas públicas federais, estaduais (em articulação com o Estado) e municipais a serem atendidas no âmbito do PSE;
IV - possibilitar a integração e planejamento conjunto entre as equipes das escolas e as equipes de Atenção Primária à Saúde;
V - subsidiar o processo de assinatura do Termo de Compromisso do PSE;
VI - participar do planejamento integrado da formação dos profissionais de saúde e de educação e viabilizar sua execução;
VII - apoiar, qualificar e garantir o preenchimento do Sistema de Monitoramento e Avaliação do PSE; e
VIII - propor estratégias específicas de cooperação entre Estados e Municípios para a implementação e gestão do cuidado em saúde dos estudantes no âmbito municipal.