A Gestão do PSE é centrada em ações compartilhadas, desenvolvidas por meio dos Grupos de Trabalho Intersetoriais (GTI), dos respectivos níveis de gestão, numa construção em que tanto o planejamento quanto a execução das ações, devem ser pactuadas coletivamente de forma a atender às necessidades e demandas locais por meio de análises e avaliações construídas intersetorialmente. Assim, a consonância entre as políticas de Saúde e de Educação pode garantir às crianças, aos adolescentes e aos jovens o acesso à mais qualidade de vida. Recomenda-se que os GTI sejam formalizados através de portarias.