O alcance das finalidades do PSE depende de ações cotidianas que envolvam de forma essencial a intersetorialidade nas áreas da gestão, do planejamento, dos compromissos dos dois setores saúde e educação, no mínimo, e da abordagem nos territórios onde se encontram as unidades escolares e as equipes de Atenção Primária. Esse planejamento deve estar alinhado ao contexto escolar e as necessidades locais, bem como a capacidade da APS do território.
A intersetorialidade é um processo construído: pressupõe interação continuada, com discussões planejadas, monitoramento das ações e negociação de recursos compartilhados, sejam financeiros, sejam apoios possíveis para os atores envolvidos.
Na prática, a ação temática pode ser combinada entre a equipe de saúde e a equipe da escola, respeitando a agenda/rotina escolar e da equipe de saúde.