O monitoramento da Estratégia de fortificação da alimentação infantil com micronutrientes em pó – NutriSUS será realizado pelo Sistema Integrado de Monitoramento Execução Controle (SIMEC) no momento da avaliação anual do PSE, da mesma maneira que as demais ações do Componente II. O principal indicador que será monitorado é o número de crianças suplementadas com o mínimo de 36 sachês (ciclo mínimo efetivo). Para facilitar o monitoramento, sugere-se a utilização da ficha de monitoramento proposta no anexo 2 do Manual Operacional do NutriSUS para posterior digitação dos números totais no SIMEC.
As equipes de atenção básica e assistência farmacêutica poderão utilizar também, paralelamente, o Sistema Nacional de Gestão da Assistência Farmacêutica – Hórus - para monitorar o controle do estoque do insumo.