As atividades necessárias para a implementação do NutriSUS ficarão a cargo do Grupo de Trabalho Intersetorial (GTI) do Programa Saúde na Escola (PSE). Os GTI devem ser compostos por profissionais de diversas áreas das Secretarias de Saúde e Educação. Recomenda-se a articulação de representantes das áreas técnicas de alimentação e nutrição, atenção básica, saúde da criança, assistência farmacêutica, educação infantil, alimentação escolar, entre outras, para que a estratégia seja implantada de forma integrada nos municípios.