O Eixo estrutura do Qualifar-SUS visa fortalecer a estruturação dos serviços e ações da Assistência Farmacêutica, considerando a área física, os equipamentos, os mobiliários e os recursos humanos. Tal Eixo prevê repasse de recursos de investimento e custeio para estruturação da Assistência Farmacêutica na Atenção Primária em municípios habilitados.
No ano da habilitação, o município recém-habilitado recebe em parcela única o recurso de investimento (que é repassado uma única vez), conforme seu porte populacional. Além disso, o município recebe também o repasse do recurso de custeio no valor de R$ 24.000,00 (vinte e quatro mil reais), em parcela única.
Já nos anos subsequentes, o repasse de custeio é condicionado ao envio de dados à Base Nacional de Dados de Ações e Serviços da Assistência Farmacêutica (BNAFAR) e efetuado com periodicidade trimestral, em parcelas de R$ 6.000,00 (seis mil reais), nos denominados ciclos: