O conjunto dos indicadores, pactuados nos compromissos assumidos pelas equipes e gestões municipais participantes do PMAQ, foram definidos visando a incorporação de indicadores que guardem maior correspondência com elementos que integram o eixo transversal de desenvolvimento do programa, considerando os princípios da Atenção Básica presentes na PNAB e sua relevância para melhoria e ampliação do acesso e da qualidade dos serviços de saúde no Brasil. Esses indicadores servirão para as ações de monitoramento das equipes e comporão a nota de certificação no PMAQ, valendo 30% da nota final.