Além dos riscos inerentes a uma cirurgia de grande porte, podem ocorrer:
infecções (como consequência do uso de imunossupressores);
rejeição do órgão transplantado, que pode ser hiperaguda (situação muito grave, podendo levar a necessidade da realização de um novo transplante) ou tardia (mais fácil de ser tratada com medicamentos que diminuem a atividade do sistema imunológico);
efeitos colaterais das drogas imunossupressoras, como hipertensão arterial, linfomas, tumores de pele e toxicidade do sistema nervoso, entre outros.