Os resultados do transplante para o paciente dependem de fatores tais como o estágio de sua doença, sua condição clínica e a presença de doenças prévias que possam aumentar a incidência de complicações. Os principais riscos no transplante se relacionam à ocorrência de infecções potencialmente graves e toxicidade pelos medicamentos quimioterápicos. Após a recuperação das funções da medula e da alta hospitalar do paciente, segue-se uma fase de acompanhamento ambulatorial, em que o paciente é monitorado quanto a problemas que podem ocorrer, como a doença do enxerto contra o hospedeiro, a toxicidade de medicamentos imunossupressores e alguns tipos específicos de infecção mais próprios dos pacientes transplantados.