Os órgãos doados vão para pacientes que necessitam de um transplante e já estão aguardando em uma lista de espera unificada e informatizada. A posição na lista de espera é definida por critérios técnicos como tempo de espera e urgência do procedimento, compatibilidade sanguínea entre doador e receptor. A compatibilidade genética entre doador e receptores, quando necessária, é determinada por exames laboratoriais. Para alguns tipos de transplantes é exigida, ainda, a compatibilidade antropométrica.
Cabe à Central Estadual de Transplantes, por meio do sistema informatizado, gerar a lista de receptores compatíveis com o doador em questão. Se não existirem receptores compatíveis no estado ou o mesmo não realizar a modalidade de transplante referente ao órgão doado, o órgão é ofertado à Central Nacional de Transplantes CNT/MS para a distribuição nacional.
A existência desta lista única assegura a seriedade e a transparência de todo o processo.