A habilitação de estabelecimentos de saúde em doenças raras deve ser realizada pelo gestor do Sistema Único de Saúde (SUS) - municipal ou estadual, ao qual o serviço está vinculado. Para isso, é necessário seguir os critérios, etapas e exigências descritas no Instrutivo para Habilitação de Estabelecimentos de Saúde em Doenças Raras e utilizar o Sistema de Apoio à Implementação de Políticas em Saúde (SAIPS) para inserir a proposta.
Recomenda-se atentar para os tipos de habilitação disponíveis (SADR ou SRDR), os critérios de seleção, os documentos obrigatórios e a estrutura mínima exigida para o serviço. Todas essas informações estão detalhadas no fluxograma e Instrutivos.