Visto que a microcefalia pode ocorrer devido à diferentes fatores etiológicos, não existe uma vacina que previna totalmente sua ocorrência. Algumas medidas de prevenção contra a ocorrência da microcefalia são apresentadas no tópico “Prevenção” deste texto. A vacina contra o vírus causador da rubéola, por exemplo, que também é um agente etiológico de microcefalia, quando tomada antes da gestação consegue prevenir a ocorrência desta anomalia em função da infecção pelo vírus.