Historicamente, a região amazônica é considerada endêmica para a FA no Brasil. O bioma abriga condições ecológicas, ambientais e climáticas que favorecem a manutenção do vírus na natureza, num ciclo enzoótico que envolve animais e mosquitos silvestres. As elevadas coberturas vacinais na região implicam baixo número de casos registrados, geralmente isolados, mas frequentes. Surtos são ocasionalmente registrados nessa região, em áreas com bolsões de suscetíveis, onde a presença de pessoas não vacinadas pode implicar em risco aumentado para essas populações.