O PET-Saúde foi instituído por meio da Portaria Interministerial MS/MEC nº 1802, de 26 de agosto de 2008, posteriormente, substituída pela Portaria Interministerial MS/MEC nº 421, de 3 de março de 2010. O Programa tem como pressuposto a educação pelo trabalho, caracterizando-se como instrumento para qualificação em serviço dos profissionais da saúde, bem como de iniciação ao trabalho, dirigidos aos estudantes dos cursos de graduação e de pós-graduação na área da saúde, de acordo com as necessidades do Sistema Único de Saúde (SUS), tendo em perspectiva a inserção das necessidades dos serviços como fonte de produção de conhecimento e pesquisa nas Instituições de Ensino.
O PET-Saúde tem previsão de acontecer anualmente, por edição temática, e financia o pagamento de bolsa para as seguintes atividades:
a) iniciação ao trabalho: destinada a estudantes de graduação da área da saúde regularmente matriculados em Instituições de Ensino Superior (IES) públicas e privadas sem fins lucrativos;
b) tutoria acadêmica: destinada a professores das IES integrantes do Programa;
c) preceptoria: destinada a profissionais de saúde do SUS; e
d) coordenador de projeto/grupo: docente ou trabalhador da saúde, o qual é responsável por organizar e distribuir as atividades gerais do projeto.
Podem participar do programa as IES públicas ou privadas sem fins lucrativos, em parceria com as Secretarias Municipais, Distrital, e/ou Estaduais de Saúde de todas as regiões do país, selecionadas por meio de editais publicados pelo Ministério da Saúde.