Todas as transferências realizadas pelo Fundo Nacional de Saúde (FNS) para o financiamento das ações e serviços públicos de saúde a serem implementadas pelos estados, pelo Distrito Federal e pelos municípios são depositadas diretamente em instituições financeiras federais sob a titularidade dos respectivos Fundos de Saúde dos entes federados, em cumprimento ao que dispõem as Leis n.º 8.080/1990 e n.º 8.142, de 28 de dezembro de 1990; Lei Complementar n.º 141, de 13 de janeiro de 2012; Decreto n.º 7.507, de 27 de junho de 2011, e demais legislações correlatas do Sistema Único de Saúde (SUS).
De posse dos recursos, o ente federado deve organizar seu orçamento de acordo com o seu respectivo Plano de Saúde e a sua Programação Anual de Saúde, e recepcionar em seu orçamento os recursos repassados pelo Ministério da Saúde, classificando suas despesas alinhadas às ações já pactuadas para recepção dos respectivos recursos, segundo os atos normativos expedidos pela direção do SUS. Ao final do exercício financeiro, deve-se comprovar a vinculação dos recursos com a finalidade definida em cada Programa de Trabalho do Orçamento Geral da União que deu origem aos repasses realizados.
De acordo com o Manual do(a) Gestor(a) Municipal do SUS, publicado pelo Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde (Conasems), dos recursos transferidos na modalidade fundo a fundo, deve ser considerada a vinculação entre a finalidade das programações orçamentárias que financiam os repasses federais e a aplicação dos recursos por estados, Distrito Federal e municípios, que, na hipótese de existir saldos de um ano para o outro, a vinculação é válida até a aplicação integral dos recursos relacionados a cada Programa de Trabalho do Orçamento Geral da União, que deu origem ao repasse, ainda que em exercício diverso daquele em que ocorreu o ingresso no respectivo fundo de saúde.