Agências executoras são responsáveis pelo projeto durante a execução e são as destinatárias dos fundos do GEF. Geralmente, é uma autoridade nacional relevante (Ministério do Meio Ambiente ou outro Ministério técnico) ou uma organização indicada pela autoridade nacional. Possui práticas estabelecidas relacionadas à gestão de projetos de grande porte, planejamento, monitoramento e gestão do conhecimento. Além disso, tem capacidade para gerenciar financeiramente um projeto com recursos do GEF, incluindo sistemas, controles, políticas e procedimentos adequados.