O Fundo Social é administrado pelo seu Conselho Deliberativo, nos termos do art. 58 da Lei nº 12.351/2010.
A composição do Conselho Deliberativo do Fundo Social foi definida no art. 3º do Decreto nº 12.424/2025, com um representante dos seguintes órgãos:
I – Casa Civil da Presidência da República, que coordena o Conselho;
II – Ministério da Fazenda; e
III – Ministério das Cidades.
Os membros do Conselho foram designados por meio da Portaria SE/CC/PR nº 5/2025.