Sua principal missão é propor políticas de promoção da igualdade racial, com ênfase na população negra e em outros segmentos étnico-raciais da população brasileira. Além do combate ao racismo, o CNPIR tem por objetivo propor alternativas para a superação das desigualdades raciais, tanto do ponto de vista econômico quanto social, político e cultural, ampliando, assim, os processos de controle social sobre as referidas políticas.