Conselho Deliberativo
Maior instância de poder decisório do CNPq, é formado pelo Presidente da Instituição, pelo secretário-executivo do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações (MCTI) e representantes da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes/MEC), da Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP), do Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa (CONFAP), das comunidades científica, tecnológica e empresarial e dos servidores do CNPq.
O Conselho Deliberativo (CD) tem como principais competências: formular propostas para o desenvolvimento científico e tecnológico do País; apreciar a programação orçamentária e definir critérios orientadores das ações da entidade; aprovar as normas de funcionamento dos colegiados, a composição dos comitês de assessoramento e o relatório anual de atividades.
É composto pelos seguintes membros:
| MEMBRO | Tipo | Instituição | Representação |
| OLIVAL FREIRE JUNIOR | Membro Nato | CNPq | Presidente do CNPq |
| LUIS MANUEL REBELO FERNANDES | Membro Nato | MCTI | Secretário Executivo do MCTIC |
| Membro Nato | MCTI | Secretário Executivo do MCTIC - Substituto | |
| LUIZ ANTONIO RODRIGUES ELIAS | Membro Nato | FINEP | Presidente da Finep |
| CARLOS ALBERTO ARAGÃO DE CARVALHO FILHO | Membro Nato | FINEP | Presidente da Finep - Substituto |
| ANTONIO GOMES DE SOUZA FILHO | Membro Nato | CAPES | Presidente da CAPES |
| Membro Nato | CAPES | Presidente da CAPES - Substituto | |
| MARCEL DO NASCIMENTO BOTELHO | Membro Nato | CONFAP | Presidente do CONFAP |
| RAIMUNDO NOGUEIRA DA COSTA | Membro Nato | CONFAP | Presidente do CONFAP - Substituto |
| LUIZ FELIPE ARAÚJO LEAL | Membro Designado | CNPq | Representante dos Servidores do CNPq |
| PATRICIA TORRES BOZZA VIOLA | Membro Designado | FIOCRUZ | Comunidade Científica Nacional / Indicação da ABC |
| MARIMÉLIA PORCIONATTO | Membro Designado | Unifesp | Comunidade Científica Nacional / Indicação da SBPC |
| DÉBORA PRETTI RONCONI | Membro Designado | USP | Comunidade Científica Nacional / Indicação da SBPC |
| NILMA LINO GOMES | Membro Designado | UFMG | Comunidade Científica Nacional / Indicação da SBPC |
| LAURA MOUTINHO DA SILVA | Membro Designado | USP | Comunidade Científica Nacional / Indicação da SBPC |
| ALDO ZARBIN | Membro Designado | UFPR | Comunidade Científica Nacional / Indicação da SBPC |
| DIEGO SILVA MENEZES | Membro Designado | FIOCRUZ / UFRJ | Comunidade Tecnológica Nacional / Indicação da ABIPTI |
| ROMILDO DIAS TOLEDO FILHO | Membro Designado | UFRJ | Comunidade Tecnológica Nacional / Indicação da ANPROTEC |
| LILIAN DE ANDRADE AMARAL | Membro Designado | ANPEI | Comunidade Tecnológica Nacional |
| THAIS GUARATINI | Membro Designado | DEX/CNPq |
Comunidade Empresarial Nacional |
| JEFFERSON DE OLIVEIRA GOMES | Membro Designado | CNI | Comunidade Empresarial Nacional |
| IARA MENDES MACIEL | Membro Designado | SEBRAE | Comunidade Empresarial Nacional |