O balão voa ao sabor dos ventos e sua trajetória é previamente estabelecida com dados obtidos de previsão de ventos por satélite.
Entretanto, a trajetória do vôo pode ser controlada de maneira limitada, através da subida/descida do conjunto de vôo, para atingir outra camada da estratosfera que possa apresentar a velocidade e a direção de vento desejados.
A subida do balão é controlada por ordens de telecomando, através da liberação de uma quantidade de lastro para obter a alteração da altitude desejada. O lastro é uma quantidade de "peso morto" que foi previamente colocado no conjunto de vôo (normalmente de limalha de ferro ou areia).
A descida do balão é controlada por uma ordem de telecomando de abertura da válvula do topo do balão, fazendo com que certa quantidade de gás seja liberada até atingir a altitude desejada.