Por Decreto-Lei de 24 de julho é efetuada uma reforma administrativa na Biblioteca.
1941 - 1960
Rubens Borba Alves de Morais assume a direção da Biblioteca, cargo agora nomeado como diretor-geral. É o primeiro bibliotecário a administrar a Casa.
O diretor-geral, Borba de Morais, escreve um relatório confidencial ao Ministro da Educação e Saúde, Gustavo Capanema, ao qual, no momento, estava ligada a Biblioteca. Guardado na seção de Manuscritos e publicado na Revista de Biblioteconomia de Brasília em 1974, o documento, conhecido como "o relatório secreto", apresenta uma minuciosa análise dos problemas da Biblioteca e uma série de propostas positivas para a sua reforma.
É adotado um dos métodos de catalogação mais revolucionários da época, de acordo com o modelo da American Library Association, o Catálogo Dicionário.
Pelo Decreto-Lei nº 8 679 é criada a Divisão de Obras Raras e Publicações. Pela primeira vez é criado um serviço especializado para selecionar e zelar pelas obras raras pertencentes ao acervo que já, naquela época, era mais extenso e valioso do que o encontrado em qualquer biblioteca latino-americana.
É iniciada a publicação do Boletim Bibliográfico Brasileiro.
Josué de Sousa Montello assume o cargo de diretor-geral da Biblioteca.
- 1951 a 1956 Mudança na diretoria
Eugênio Gomes é nomeado novo diretor-geral da Biblioteca.
- 1951 Modernização e melhorias no prédio-sede
São ampliadas as obras dos laboratórios de microfilmagem e restauração. A rede elétrica do edifício é remodelada e os terraços são impermeabilizados contra infiltrações. O sistema contra incêndio é modernizado e são compradas novas máquinas de ar condicionado.
- 1956 a 1961 Novo diretor-geral
Celso Ferreira da Cunha, filólogo e medievalista, inicia seu primeiro mandato como diretor-geral.
- 1956 Incremento nas atividades culturais
São realizadas exposições no exterior (Madri, Lisboa, Granada etc.). Por meio de parcerias e colaborações, a Biblioteca participa de programas culturais, como o Festival do Livro da América, o Simpósio de Filologia Românica e o I Congresso Brasileiro de Dialetologia.
- 1956 Incorporação de obras valiosas
Mais obras valiosas chegam ao acervo, como uma coleção camoniana e a biblioteca do famoso antropólogo Artur Ramos, comprada de sua viúva.
- 1958 Aquisição de obras musicais
É adquirida a coleção de música de Abraão de Carvalho, a maior especializada no gênero da América, composta de mais de 17 mil peças, quase todas raras, com partituras e literatura musical dos séculos XVII e XVIII.
- 1960 a 1961 Substituição na diretoria
José Elísio Conde assume como diretor-geral, cargo que ocupa por apenas quatro meses.
- 1960 Comemorações do sesquicentenário
No sesquicentenário da instalação da Biblioteca Nacional (1810-1960) é organizado um programa cultural nacional e internacional. No Brasil são realizadas a exposição Affonso Celso, a exposição do I Congresso Brasileiro de Crítica e História Literária, a exposição Frederico Chopin e a exposição de Incunábulos. No exterior acontecem exposições do Livro Brasileiro Contemporâneo em Paris, Praga, Roma, Assunção, Utrecht, Nova Iorque e Wisconsin.
- 1960 Publicações comemorativas
Dentro dos festejos dos 150 anos da Biblioteca, são publicados, em fac-símile, alguns álbuns com texto original e belas reproduções coloridas do acervo iconográfico, entre os quais destacam-se: Figurinos do Século XVIII e Beija-Flores do Brasil.