Pesquisadores do LNCC tem pré-print publicado do artigo do Portal DockThor-VS com os alvos de SARS-CoV-2 e os estudos de reposicionamento de fármacos

O trabalho de pesquisa intitulado "Drug Design and Repurposing with DockThor-VS Web Server: Virtual Screening focusing on SARS-CoV-2 Therapeutic Targets and their Non-Synonym Variants" teve pré-print publicado e já se encontra submetido para revista indexada internacional. O trabalho apresenta os desenvolvimentos implementados no servidor web DockThor-VS para fornecer uma plataforma de triagem virtual (VS) com estruturas curadas de potenciais alvos terapêuticos do SARS-CoV-2 incorporando informações genéticas sobre variações não sinônimas relevantes. 

O servidor web facilita a realização de experimentos de triagem virtual objetivando estudos de reposicionamento de fármacos através da disponibilização de uma biblioteca contendo os  medicamentos, aprovados pelo Food and Drug Administration (FDA), disponíveis no mercado. Atualmente, o DockThor-VS fornece estruturas 3D prontas para triagem virtual para seis alvos terapêuticos de SARS-CoV-2: Nsp3 (PLpro), Nsp5 (Mpro, 3CLpro), Nsp12 (RdRp), Nsp15 (NendoU), proteína N e proteína Spike. São disponibilizadas no portal as estruturas 3D para a sequência genômica selvagem e para as variantes genômicas não sinônimas mais relevantes (fruto de um estudo envolvendo mais de 40 mil genomas de SARS-CoV-2). No total são disponibilizadas 45 estruturas 3D.

No trabalho são discutidos os resultados da triagem virtual envolvendo a biblioteca para reposicionamento de fármacos contra os seis alvos terapêuticos.

O trabalho foi coordenado pelo professor e pesquisador do LNCC, Laurent Dardenne em colaboração com a professora Marisa Nicolás (LNCC-Labinfo). O trabalho envolveu as pós-docs Isabella A. Guedes e Karina B. dos Santos, os alunos da pós-graduação Leon S. C. Costa e Ana L. M. Karl, os pesquisadores do LNCC Fábio L. Custódio e Helio J. C. Barbosa, e os tecnologistas do SINAPAD Iury M. Teixeira, Marcelo M. Galheigo e Vivian Medeiros. Também participaram da pesquisa ex-alunos do LNCC, Eduardo Krempser e Gregório Kappaun, atualmente pesquisadores da Fundação Oswaldo Cruz e do Instituto Federal Fluminense - IFF (Campus Macaé), respectivamente. 

O pré-print do artigo pode ser acessado em https://www.researchsquare.com/article/rs-96789/v1 .

A plataforma DockThor-VS está disponível de forma gratuita para pesquisadores de todo o mundo.  Os usuários não cadastrados podem realizar experimentos com até 200 moléculas por vez, enquanto que estudos mais complexos envolvendo até 5000 moléculas estão liberados para usuários com projetos submetidos e aprovados. A plataforma está totalmente operacional, tendo sido submetidos durante o ano de 2020 mais de dez mil experimentos de triagem virtual. O DockThor-VS está disponível gratuitamente em www.dockthor.lncc.br.