Pesquisadores do LNCC participam de Evento Internacional utilizando o Supercomputador Santos Dumont

O Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos do LNCC está participando da 12ª edição do CASP (Critical Assessment of Protein Structure Prediction - http://predictioncenter.org) bianual para avaliação do estado da arte das metodologias computacionais para predição de estruturas de proteínas. Durante o evento, sequencias de aminoácidos de proteínas sem estrutura tridimensional conhecida são enviadas para os grupos participantes que fazem a predição da estrutura 3D utilizando as mais variadas metodologias e abordagens computacionais. Participam na mais atual edição do CASP, 212 grupos do mundo todo, dos quais 40 são na categoria de servidores automáticos. Desde o dia 2 de maio até o final de julho cerca de 100 sequencias de proteínas serão alvo de estudos. O grupo do LNCC liderados pelos pesquisadores Laurent E. Dardenne e Fábio L. Custódio participa do CASP12 na categoria predições de estruturas, sem referências, com um servidor criado pelo grupo que emprega metodologias desenvolvidas ao longo de mais de uma década de pesquisas no LNCC.

A participação por servidores é considerada a mais desafiante e requer o envio das predições em até 72 horas. O recém-adquirido supercomputador Santos Dumont (SDumont) está sendo utilizado como a plataforma principal de computação extrema para viabilizar a participação do LNCC no CASP. Cerca de 18 mil núcleos do SDumont já foram utilizados simultaneamente para realizar a predição de alguns alvos mais desafiadores. Os pesquisadores também contam com serviços de otimização de código e recursos computacionais do Centro de Inovação da Intel, hospedado e gerenciado pela AMT, no Rio de Janeiro, líder em serviços de HPC no Brasil. As predições submetidas são comparadas com as estruturas 3D obtidas utilizando técnicas experimentais e avaliadas por um comitê científico independente. Os resultados das avaliações são divulgados e discutidos em um evento que ocorrerá no final do ano. Esses resultados visam avaliar o progresso desde a última edição e guiar as pesquisas futuras da área. A predição computacional de estruturas de proteínas é um dos maiores desafios da biologia molecular e atrai a atenção de grupos do mundo todo por estar diretamente associada a aplicações biotecnológicas em áreas estratégicas como o desenvolvimento de novos fármacos e vacinas, engenharia de proteínas, genômica estrutural e desenvolvimento de biopolímeros. A participação do grupo de pesquisadores do LNCC está sendo apoiada pelas empresas ATOS-BULL, AMT IT Infrastructure e INTEL.