A Coordenação Regional de Cuiabá-MT está localizada no município de Cuiabá (MT) e atua junto aos povos indígenas das etnias Guató, Bakairi, Kayapó, Paresi, Chiquitano, Bororo, Negarotê, Nambikwara, Umutina, Wasusu, Halotesu, Terena e Aikanã. A CR Cuiabá-MT foi criada inicialmente como Administração Executiva Regional e tornou-se Coordenação Regional em 2009. Atualmente, a unidade é responsável por coordenar e monitorar a implementação de ações de proteção e promoção dos direitos de povos indígenas nos estados de Mato Grosso, Rondônia e Pará.
A área de atuação da Coordenação Regional de Cuiabá abrange os municípios de Rondonópolis (MT), Comodoro(MT), Tangará da Serra(MT), Sapezal-(MT), Campo Novo do Parecis(MT), General Carneiro(MT), Pontes e Lacerda(MT), Paranatinga(MT), Nobres(MT), Novo Progresso(PA) e Vilhena(RO), atendendo aproximadamente 12,3 mil indígenas.
- UTL em Rondonópolis I
Chefe: Ana Clara de Oliveira
- UTL em Comodoro
Chefe: Adriani Aparecida Vicentini
- UTL em Barão de Melgaço
Chefe Substituto: Rodrigo Souza Fontes de Salles Graça
- UTL em Tangará da Serra
Chefe: Ivanilde Bezerra do Nascimento
- UTL em Sapezal
Chefe: Anacleto Antônio da Silva
- UTL em Campo Novo do Parecis
Chefe: Joelson Avelino da Silva Kinizokemaece
- UTL em General Carneiro
Chefe: Raquel Paim Simões
- UTL em Pontes e Lacerda
Chefe: André Augusto Silva Rodrigues
- UTL em Paranatinga
Chefe: Roberto Taukai
- UTL em Nobres
Chefe: Altair de Oliveira Pinto
- UTL em Novo Progresso-PA I
Chefe: Vago
- UTL em Novo Progresso-PA II
Chefe: Josiane Batista dos Reis
- UTL em Vilhena-RO I
Chefe: Abrhão Negreiros Tejas
- Baía dos Guató
- Bakairi
- Baú
-Portal do Encantado
- Estação Paresi
- Estivadinho
- Figueiras
- Reserva Indígena Jarudore
- Juininha
- Lagoa dos Brincos
- Menkragnoti
- Merure
- Nambikwara
- Paresi
- Paukalirajausu
- Pequizal
- Perigara
- Pirineus de Souza
- Ponte de Pedra
- Portal do Encantado
- Rio Formoso
-Kawahiva do Rio Pardo
- Santana
- Sararé
- Tadarimana
-Taihantesu
- Reserva Indígena Tereza Cristina
- Tirecatinga
- Tubarão Latunde
- Uirapuru
- Umutina
- Utiariti
- Vale do Guaporé
-Tubarão Latundê
*Comunidades e Terras Indígenas atendidas pela Coordenação Regional de Cuiabá.
Coordenador Regional: Benedito César Garcia Araújo
Coordenador Regional Substituto: Benedito Leocádio de Campos Filho
Endereço: Rua E, S/N, Qd. 15, Centro Político Administrativo, Cuiabá/MT - CEP 78.049-900
Telefone: (65) 3644-1850/1410
E-mail: cr.cuiaba@funai.gov.br