No Brasil, há dois setores da Administração Pública que atuam mais diretamente no controle sanitário de alimentos: os setores da agricultura e da saúde. No âmbito da saúde, os órgãos de controle são reconhecidos como vigilância sanitária.
Nesses dois setores, a execução do controle de alimentos compreende as esferas federal, estadual e municipal. O ente federal do setor da agricultura é o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento e, no setor da saúde, a Anvisa.
As competências desses dois setores estão definidas em um complexo marco normativo legal e infralegal que garante que o controle englobe toda a cadeia produtiva de alimentos.
As etapas iniciais da produção de alimentos, como o cultivo, a criação e de animais ou a pesca, são fiscalizadas pelos órgãos da agricultura, além do controle de bebidas e a classificação de vegetais. Já o controle das etapas de processamento e distribuição dos alimentos é uma competência compartilhada entre órgãos da agricultura e saúde, que se dividem de acordo com o tipo de produto.
Os órgãos de saúde também são os responsáveis pelo licenciamento e pela fiscalização dos estabelecimentos que comercializam alimentos, como supermercados, e dos serviços de alimentação, que incluem os restaurantes, os bares, as lanchonetes e outros estabelecimentos que preparam, entregam ou comercializam refeições.
Há outros órgãos e instituições da Administração Pública que atuam na regulação de alimentos, mas com olhares distintos, como Inmetro, que trata principalmente de questões de metrologia, e o Sistema Nacional de Defesa do Consumidor, que tutela os direitos dos consumidores.